香草杏仁 - 个人学习生活笔记

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

053140

ChatGPT香草杏仁版

2023. 3. 24 更新！最新版本的ChatGPT已经更新，重新部署并选择了轻量版以提高性能。基于github开源项目，免费使用，无需科学上网。加入密钥验证以避免滥用，仅限本站访客使用。使用API时可选择...

未分类

Vamond3年前

788540

scRNA-seq数据整合Introduction

Seurat不仅可以校正实验的批次效应，还能跨平台整合数据，例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起；也能整合单细胞多组学数据，例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

465830

Nature Genetics：主动脉瓣功能及主动脉瓣狭窄风险相关遗传变异的多性状分析研究

本研究致力于探讨主动脉瓣功能及其与主动脉瓣狭窄（AS）风险相关的遗传变异。通过对UK Biobank中62902名参与者进行相差心血管磁共振成像（cMRI），结合深度学习技术，自动提取了三项关键的生理...

文献笔记 # 主动脉瓣 # 心血管 # GWAS

Vamond前天

0240

通过注释文件计算线粒体序列比例

经验证，人类样本的单细胞分析使用seurat教程的方法计算线粒体序列比例与此方法结果一致，但对于其他物种，建议使用此方法。使用注释文件生成线粒体计数指标我们将使用AnnotationHub，它允许...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

052060

Rtools安装

出现的问题最近在学习R语言得过程中，安装了最新版的R4.0.1和R Studio，但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...

R基础 # R

Vamond5年前

053620

分析准备与读取数据-HBC lesson 3

本篇教程将会帮助你理解如何获得单细胞RNA测序实验中的数据。基因表达定量完成之后，我们需要将这些数据导入R中，以生成可用于执行质控的矩阵。在本课中，我们将讨论计数数据可被导入的格式，...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

054250

主动脉瓣组织学分层蛋白组学图谱

本研究通过多组学映射生成主动脉瓣的分子图谱，揭示了驱动钙化性主动脉瓣病（CAVD）疾病的网络。研究将瓣膜组织分为正常、纤维化和钙化三个区，分析组学数据并进行免疫荧光验证，发现转录组与蛋...

文献笔记 # 主动脉瓣 # 组学研究 # 钙化性疾病

Vamond3年前

03370

单细胞聚类resolution参数的选择

在进行细胞聚类时有两个参数的选择对下游分析的结果影响很大一个是纳入分析的PCs数，也就是dims参数，选择方法见关于“数据的维度”(dims参数)的选择；另一个是resolution参数，官方推荐根...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

054970

MJ绘画基础教程–part2🖌️生图之后的进一步操作

本文介绍了在MJ绘画基础教程中，针对生图进行进一步操作的方法，包括单张放大、微调、倍数放大、图像变化、细化局部、拓展和平移等技术。通过这些操作，可以对图片进行精细处理和扩展，以达到更...

Vamond2年前

05480

加载更多