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下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh-香草杏仁

下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh

这篇文章介绍了一个多线程下载NCBI数据库中SRA文件的脚本download_sra.sh。使用前需要确认已安装sra-tools。该脚本通过prefetch命令,可以高效地下载各种SRA文件,包括bulk-seq和single cell原...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond20小时前
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Aspera批量下载fastq或sra文件(EBI数据库)-香草杏仁

Aspera批量下载fastq或sra文件(EBI数据库)

本文介绍了如何通过Aspera工具批量下载EBI数据库中的fastq或sra文件。首先,用户需通过conda创建一个新的环境并安装Aspera CLI和sra-tools。在获取到目标文件的下载链接后,可以使用Aspera命令...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond29天前
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conda的使用-香草杏仁

conda的使用

​​ conda的下载与安装 创建小环境并在其内安装软件 创建名为rna-seq​的小环境 # conda create -n [名称],后面是要安装的主要软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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