conda的使用

​​

conda的下载与安装

创建小环境并在其内安装软件

创建名为rna-seq​的小环境

# conda create -n [名称]，后面是要安装的主要软件
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
# 激活scrna小环境
conda activate rna-seq
# 查询fastqc位置
which fastqc
# 列出本环境所有软件包
conda list
# 列出目录下内容
ls -lh ~/software/miniconda3/envs/rna-seq

conda常用命令整理

# 创建名为test的小环境
conda create -n test

# 列出所有环境
conda env list
conda info --env

# 激活/退出小环境
conda activate test
conda deactivate

# 克隆test 环境为ngs 环境
# 可以用于环境备份，避免由于环境出错需要完全重装
conda create -n ngs --clone test

# 删除环境
conda remove -n test --all

# 查看当前环境内已安装的软件
conda list
#查看--安装--更新--删除包 
conda list： 
conda search package_name# 查询包 
conda install package_name 
conda install package_name=1.5.0 
conda update package_name 
conda remove package_name 

‍