单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS安装

最近在尝试MEBOCOST进行代谢物通讯分析，分析过程中需要结合COMPASS软件计算代谢流，然而实际在安装COMPASS过程中遇到了很多问题，特此记录一下，按照本文流程可以有效避坑。

创建conda环境

python版本建议3.9或者3.10，如果默认安装最新版目前是3.12在后续安装CPLEX软件时会不支持
pandas版本必须小于2.0.0，否则compass运行时会报错的
ipykernel是为了方便我有时候在jupyterlab中调用环境

conda create -n compass python=3.9 pandas=1.5.3 ipykernel

安装完成后请尝试激活compass环境

conda activate compass

安装Cplex

Compass依赖于CPLEX，这是IBM开发的一个优化引擎，供学术使用时是免费的。具体而言，Compass使用的是其Python API（与Docplex不同）。CPLEX需要直接从IBM安装。我们注意到，下载安装文件到本地并通过SCP/文件传输将其传输到相应服务器上可能更为简单。

Cplex的完整商用版很贵，网上能够下载到都是社区版，我尝试过了社区版是没办法被Compass正常调用的。

官方说教育用户包括高校职工、学生、研究员等可以通过edu邮箱免费下载完整版，但是经过我尝试，国内的教育邮箱根本进不去教育链接，即使是我购买了一个其他国家的教育邮箱能进入页面，但依然不能下载，最后我是找朋友借用一个美国的edu邮箱接收了验证码才能正常下载。Cplex下载页面：https://www.ibm.com/products/ilog-cplex-optimization-studio 点击旁边的教育资源，申请免费使用，然后填写邮箱输入一些资料即可。

教育用户经过验证码注册登录之后，找到下载页面，选择自己需要的版本，我需要的linux版本，如下图：

初次使用IBM软件的需要先安装官方下载器才能正常下载：

下载完以后把软件（linux版安装包以.bin结尾）复制到linux系统中去，在终端进行安装。

参考以下bash命名：

# 如果你的linux系统没有安装java请先安装java，已安装的请忽略
sudo apt-get install default-jre
# 切换到下载的安装包的位置
cd ~
# 给运行权限
chmod +x cplex_studio2211.linux-x86-64.bin
# 安装
sudo ./cplex_studio2211.linux-x86-64.bin
# 安装过程中需要根据脚本提示操作即可，都选默认

安装完成提示：

在compass环境中安装cplex的python模块

这一步是需要sudo权限的，如果是租用共享服务器的同学需要联系你们服务器管理员协助处理。

# 先激活compass环境
conda activate compass
# 检查一下python的位置，后面要用
which python
# 我的是 /home/vamond/software/miniconda3/envs/compass/bin/python

# 进入到模块目录，根据自己的python版本选择
cd /opt/ibm/ILOG/CPLEX_Studio2211/cplex/python/3.9/x86-64_linux
# 这里需要sudo，所以python要给完整路径
sudo /home/vamond/software/miniconda3/envs/compass/bin/python setup.py install

成功安装界面如下：

完成以后可以进入python终端中尝试导入，如果没有报错，即安装完成。

import cplex

安装compass

以上准备工作完成后，compass的安装只需要一句命令：

python -m pip install git+https://github.com/yoseflab/Compass.git --upgrade

完成后在终端检查以下调用是否正常：

compass -h

出现帮助文档，表明完成安装！

可选

最后，如果这个compass环境需要在jupyterlab中调用的话，请注册kernel

python -m ipykernel install --user --name compass --display-name "compass"
# Installed kernelspec compass in /home/vamond/.local/share/jupyter/kernels/compass

参考资料

MEBOCOST 根据单细胞转录组数据推测细胞间代谢物通讯的算法
COMPASS 单细胞转录组代谢流计算软件
安装过程中许多问题通过杏仁AI工具获得解答，并且有效解决。

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本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程，COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先，需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境，并确保pandas版本低于2.0.0。接着，安装Cplex，该软件是COMPASS的依赖项，必须通过IBM的教育资源免费获取完整版，而社区版不支持COMPASS正常工作。由于需要sudo权限安装Cplex的Python模块，因此共享服务器用户需联系管理员协助。随后，在激活的conda环境中，通过pip命令从GitHub安装COMPASS。在安装成功后，可以通过命令行验证COMPASS的安装是否正确可用。最后，如果需要在jupyterlab中使用该环境，可选择性注册kernel。文中还提供了一些有用的参考链接和解决问题的工具推荐。

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