单细胞聚类resolution参数的选择

在进行细胞聚类时有两个参数的选择对下游分析的结果影响很大

一个是纳入分析的PCs数，也就是dims参数，选择方法见 关于“数据的维度”(dims参数)的选择 ；

另一个是resolution参数，官方推荐根据测到的细胞数进行选择，但是其选择没有具体的标准，可以使用clustree包进行可视化，可以遍历不同resolution取值时细胞分群情况作为参考。

# Check clustering stability at given resolution 
# Set different resolutions 
res.used <- seq(0.1,1,by=0.2)
res.used
# Loop over and perform clustering of different resolutions 
for(i in res.used){
 sce <- FindClusters(object = sce, verbose = T, resolution = res.used)
}
# Make plot 
library(clustree)
clus.tree.out <- clustree(sce) +
 theme(legend.position = "bottom") + 
 scale_color_brewer(palette = "Set1") +
 scale_edge_color_continuous(low = "grey80", high = "red")

clus.tree.out