生信分析环境配置：conda

最近由于CPU、内存等降价明显，自己配了一台洋垃圾，双路E5-2696V3, 36核72线程+128G内存，用来学习linux系统和生信分析，自己用目前是足够了，后续如果需求提高了可以升级到256G内存，目前一套才三千多，剧划算。本文记录一下分析环境搭建过程。

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下载miniconda

一般使用miniconda（迷你版）就够了，也可以使用anaconda（完全版）。

在miniconda的北外镜像网站中，按照日期降序排列，找到最新版的miniconda安装包，复制对应版本的安装版下载链接，我这里选择linux_x86

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# 下载
wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

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安装

bash Miniconda3-py39_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

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按回车键确认，阅读条款，后面输入yes

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确认安装位置，直接按回车键选择默认位置。如果不选择默认位置，需要提前创建好目录，然后在这里输入你想要的安装位置。

同意conda初始化（init），输入yes​

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安装完成界面：

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# 重新加载环境变量：
source ~/.bashrc

然后conda就可以启动了。conda默认开启的base环境：

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# 如果不想要显示base，可以使用以下命令关闭
conda config --set auto_activate_base false

添加镜像

国内使用建议添加镜像源，有助于提升下载速度

# 添加镜像源，这里使用的北外镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
# 查看是否添加成功
conda config --show channels
# 删除指定源
conda config --remove channels 源名称或链接
# 运行下清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引
conda clean -i

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可选步骤：

# 设置超时时间，网络情况不好的时候不容易被断开
conda config --set remote_read_timeout_secs 600.0

conda加速器mamba（可选）

# 安装mamba
conda install mamba -n base -c conda-forge
# 之后可以用mamba替代conda运行命令，确实快很多
# 比如
mamba search [package]
mamba install [package]

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