新建一个文件夹

打开linux终端，运行

mkdir yard

验证一下工作目录

pwd

/home/vamond/yard

进入该目录，新建apps文件夹，用于存放cellreanger

cd /mnt/home/user.name/yard
mkdir apps
cd apps

下载并提取cellranger

复制官网中提供的下载链接，要自己进去填写信息才会有链接

用curl命令或者wget远程下载

# 官方推荐优先使用curl
curl -o cellranger-6.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-3.1.0.tar.gz?Expires=1568276695&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cDovL2NmLjEweGdlbm9taWNzLmNvbS9yZWxlYXNlcy9jZWxsLWV4cC9jZWxscmFuZ2VyLTMuMS4wLnRhci5neiIsIkNvbmRpdGlvbiI6eyJEYXRlTGVzc1RoYW4iOnsiQVdTOkVwb2NoVGltZSI6MTU2ODI3NjY5NX19fV19&Signature=FLKeP1u95hziLa8ViQywYlipCeuTvdecksuVu~JIVsUcy7pev8VfwSwQ5kdst4hWB641KuD2qSM-5meVgCLOwE1h50oiEqYHlFfZ9XT30bAOb74cT5amOGX6HrX5nBGocLrH~gymixrkEU-z9v22TYGdHMAiqV84qvWZYKOUPZsrLR3umQuT2uF19xxbaXbUCKsVfrCSAY~0AVfEyyFYYiKnmANtEOZ1FNM0Lr6LoSq4a8o9wU9YyMYJCOfYm6JqP5QYnXUHxUMzMM4j3vJ-zASLuXito0RvrxYzgM~zNRRFwGjvr98o0xkKZ6EzGXmunA08aPlgRMG6J9t1b02NMg__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"
# 备用wget
wget -O cellranger-6.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-3.1.0.tar.gz?Expires=1568198894&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cDovL2NmLjEweGdlbm9taWNzLmNvbS9yZWxlYXNlcy9jZWxsLWV4cC9jZWxscmFuZ2VyLTMuMS4wLnRhci5neiIsIkNvbmRpdGlvbiI6eyJEYXRlTGVzc1RoYW4iOnsiQVdTOkVwb2NoVGltZSI6MTU2ODE5ODg5NH19fV19&Signature=MAsku-zG5j7hV9svst0pxw9WTJk3ilq3DmLb1obNHmjsOcIL8CF2T0UzYpiGQ2lTQraiPNQ2nzhLgH1liGP~7JjoZ~HousFx1w7POggIWYkhDu7ktlGQCVvjxBqZvfoWpgVvi1U4lpy7Ud2c0Hq1r3HphUH-ZiHqiGSKfTarUZEQOLLx~5CXz~moIM~TwAF0KDLwbAPkceylZUOTcdzBAH~IsD-LBXK-7WbBA5ZOFOXhAtrLWQnzCRU0HjnkXRUNtKGAJO7ApXkg8PcNQaEWBGiJ6hrnCsbPdjaVFhOcRd-6mtV-zg2WTt1kVcd8UjA4GAQ42mm1SIw5xgTkWc-~cw__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

下载中的时候输出结果如下

. % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
.                                Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100  954M  100  954M    0     0  59.6M      0  0:00:16  0:00:16 --:--:-- 56.1M

亲测下载满速

# 查看以下apps目录中有没有下载好文件
ls -1
# 结果应该是有一个文件
cellranger-6.0.1.tar.gz

# 解压
tar -zxvf cellranger-6.0.1.tar.gz

运行解压命令以后终端会显示很多内容，结束后cellranger就安装好了，包括所需要的依赖会自动安装，但是这个过程中不包括bcl2fastq软件（用于将bcl文件转换为fastq，在使用cellranger mkfastq命令时会用到），如果有需要的话得另外下载。

将cellranger添加到环境变量

找到cellranger的位置

# 进入cellranger文件夹
cd cellranger-6.0.1
pwd
# 得到：/home/vamond/yard/apps/cellranger-6.0.1

添加到环境变量：

# 编辑环境变量文件 
gedit ~/.bashrc
# 在最后一行添加以下内容并保存：
export PATH=/mnt/home/user.name/yard/apps/cellranger-6.0.1:$PATH
# 重新载入环境变量
source ~/.bashrc
# 检查一下
which cellranger

以后在终端中任意目录都可以直接输入cellranger调用程序

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THE END