该研究整合胎儿、健康参照和钙化主动脉瓣单细胞图谱，并结合GWAS、bulk RNA-seq及体外功能实验，发现CAVD中炎症相关VDSC1和VDSC3显著扩增，遗传与疾病转录信号共同定位于VDSC，并筛出INHBA。敲...

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程，COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先，需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境，并确保pandas版本低于2.0.0。接着，安...

准备工作：下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...

Harmony方法在2019年发表在上面nature methods， harmony算法与其他整合算法相比的优势： 整合数据的同时对稀有细胞的敏感性依然很好； 省内存； 适合于更复杂的单细胞分析实验设计，可以比较来...

本文介绍了在本地部署Deepseek-R1模型并构建知识库的步骤，主要分为五个部分。首先，用户需要安装Ollama软件，并通过命令行下载所需的模型。接着，通过访问指定的本地端口，可以在浏览器中查看...

本研究探讨了Lumican（LUM）在钙化主动脉瓣病（CAVD）中的作用。通过单细胞RNA测序分析发现，LUM在VICs的转变中发挥关键作用，并促进H3组蛋白乳酸化，进而加速钙化过程。去除LUM可改善钙化情况...

关于“数据的维度”(dims参数)的选择 Created time: Apr 13, 2021 12:07 PM Tags: R, Seurat, scRNA-seq 完成PCA之后，我们获得了该数据集的所有主成分（PCs）信息，但是如何决定纳入多少个主成...

本研究探讨了活化血小板对钙化性主动脉瓣狭窄（CAVS）进展的影响。结果显示，活化血小板通过分泌ADP促进心脏瓣膜间质细胞（VICs）的成骨程序，进一步导致钙化。研究利用多种技术（如SEM、免疫荧...