本文介绍了如何通过Aspera工具批量下载EBI数据库中的fastq或sra文件。首先，用户需通过conda创建一个新的环境并安装Aspera CLI和sra-tools。在获取到目标文件的下载链接后，可以使用Aspera命令...

系统：ubuntu20.04 创建挂载目录 sudo mkdir /mnt/data 磁盘查看磁盘信息 # 列出磁盘 lsblk # 查看磁盘UUID sudo blkid ### 输出中找到自己想挂载的磁盘，比如下面这个 ### /dev/sda1: LABEL='d...

该研究整合人主动脉瓣组织学、单细胞RNA测序、Visium空间转录组及RNA-FISH，描绘CAVD中VIC与巨噬细胞的性别偏倚状态。男性组织呈更高钙化负荷并有COMP阳性细胞靠近钙化灶，女性组织SERPINE1阳性...

分子标记物：荧光素 Fluophore 能够吸收能量并在释放能量的过程中发光，吸收短波长的能量后发射出长波长的光。当激发照射停止，发射光也消失 。荧光素都需要知道2个波长： 激发光波长（excitati...

基本技术 细胞的分离和原代培养 猪VICs的分离培养（以我自己使用的原代细胞为例） 将4-6月龄的猪使用丙泊酚诱导麻醉后，静脉注射氯化钾处死； 开胸后分离结扎主动脉、上腔静脉、下腔静脉，摘除...

Harmony方法在2019年发表在上面nature methods， harmony算法与其他整合算法相比的优势： 整合数据的同时对稀有细胞的敏感性依然很好； 省内存； 适合于更复杂的单细胞分析实验设计，可以比较来...

本研究探讨了氧化低密度脂蛋白（oxLDL）诱导的转录因子FOXS1在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中的作用。研究表明，oxLDL通过激活FOXS1导致胆固醇转运功能障碍，从而引发瓣膜间质细胞（VICs）的成骨...

准备工作：下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...