最新发布第3页
从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2-香草杏仁

从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2

根据所使用的建库方法,单细胞的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10X Genomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本(Smart-seq)获得。 参...

windows R 内存管理

在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量,以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object,对于多样本整合的数据来讲最后会很大,每次...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
051200
流式细胞术简介-香草杏仁

流式细胞术简介

流式细胞术(Flow Cytometry,FCM,FACS)是以流式细胞仪为检测手段的一项能快速、精确的对单个细胞(或生物学颗粒)的理化特性进行多参数定量分析和分选的技术。 流式细胞仪的结构和原理 分析型...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
174300
.rds和.Rdata(.rda)-香草杏仁

.rds和.Rdata(.rda)

​​ ​.rds​和.Rdata​ (也称为.rda​ )文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法(例如write.table相比,保存此方法有多个优点: 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R...
生信分析环境搭建--conda+jupyter-香草杏仁

生信分析环境搭建–conda+jupyter

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境,包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具,并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。
Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk.-香草杏仁

Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk.

Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk. Zhou Q, Cao H, Hang X, Liang H, Zhu M, Fan Y, Shi J, Dong N, He X. Midkine Prevents C...
Circulation:主动脉瓣钙化是由ALDH1A1的丧失引起的,并且可以通过视黄酸受体α的激动剂来预防-香草杏仁

Circulation:主动脉瓣钙化是由ALDH1A1的丧失引起的,并且可以通过视黄酸受体α的激动剂来预防

本研究探讨了主动脉瓣钙化的机制以及潜在的预防策略。研究发现,ALDH1A1基因在钙化的主动脉瓣膜中显著下调,其缺失可能促使瓣膜间质细胞向成骨样表型转变,从而加速钙化进程。此外,TGF-β1通过...
cellranger的安装-香草杏仁

cellranger的安装

新建一个文件夹 打开linux终端,运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录,新建apps文件夹,用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...
conda的使用-香草杏仁

conda的使用

​​ conda的下载与安装 创建小环境并在其内安装软件 创建名为rna-seq​的小环境 # conda create -n [名称],后面是要安装的主要软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ...
Circulation:二叶式主动脉瓣的基因组与转录组学研究-香草杏仁

Circulation:二叶式主动脉瓣的基因组与转录组学研究

本研究旨在探讨二叶式主动脉瓣(BAV)的基因组和转录组学特征,以揭示其遗传机制。BAV 是一种常见的先天性心脏缺陷,尽管其遗传性较强,但目前已知的单基因突变仅能解释部分病例。为了解决这一...