香草杏仁 - 个人学习生活笔记-最新发布-第3页

cellranger count 流程

准备工作：下载参考基因组和数据集下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...

单细胞

Vamond5年前

060810

电镜技术

电镜技术电子显微镜以电子射线作为照明光源，以电磁场作为透镜，具有高分辨率和放大倍率的显微镜。电镜用于研究组织和细胞的超微结构。电子与样品作用后产生的电子信号主要有：透射电子和二次...

实验技术 # biotech

Vamond5年前

057510

整合-HBC lesson 6.2

本文主要是翻译，用作参考，还是要看GitHub上的英文原版学习目标对于不同条件下的样本，将相同类型的细胞对齐到一起挑战对准类似的细胞类型，这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

051770

CVR：FOXS1介导胆固醇转运失调驱动主动脉瓣钙化研究

本研究探讨了氧化低密度脂蛋白（oxLDL）诱导的转录因子FOXS1在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中的作用。研究表明，oxLDL通过激活FOXS1导致胆固醇转运功能障碍，从而引发瓣膜间质细胞（VICs）的成骨...

文献笔记 # 钙化 # 主动脉瓣 # 胆固醇

Vamond10个月前

01680

Circulation：主动脉瓣钙化是由ALDH1A1的丧失引起的，并且可以通过视黄酸受体α的激动剂来预防

本研究探讨了主动脉瓣钙化的机制以及潜在的预防策略。研究发现，ALDH1A1基因在钙化的主动脉瓣膜中显著下调，其缺失可能促使瓣膜间质细胞向成骨样表型转变，从而加速钙化进程。此外，TGF-β1通过...

文献笔记 # 钙化 # 主动脉瓣 # ALDH1A1

Vamond1年前

04771

整合后的细胞标记物鉴别-HBC lesson 9

目标：确定每个类群的基因标记物使用标记物识别每个类群的细胞类型根据细胞类型标记物来判断是否需要重新分组，或许需要合并或拆分聚类的类群挑战：对结果的过度解读结合不同类型的标记物...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

051760

从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10X Genomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本（Smart-seq）获得。参...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

053410

A disease-driver population within interstitial cells of human calcific aortic valves identified via single-cell and proteomic profiling （Cell Reports IF=9.4）

+29

文献笔记 # 钙化 # 细胞 # 表达

Vamond3年前

054060

蛋白质-蛋白质相互作用

酵母双杂交（yeast two-hybrid）酵母双杂交系统是在真核模式生物酵母中进行的，研究活细胞内蛋白质相互作用，是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。当我们将已知基因编码的蛋白作...

实验技术 # biotech

Vamond5年前

054680

“归一化”与“标准化”

参考链接: https://mp.weixin.qq.com/s/6ioR3JE0wKg6M-YAsLBcTA 关于归一化和标准化的翻译看了很多中文资料，发现还是有争议的，在seurat中主要是两个函数：NormalizeData()和ScaleData() ，其...

R基础单细胞 # R

Vamond5年前

056720

加载更多