准备工作：下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...

在我们我们获得高质量的单细胞数据后，单细胞RNA测序分析工作流程的下一步是进行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分离成独特的细胞群。为了执行聚类，我们需要确定细胞间表达差异最大的基因...

新建一个文件夹 打开linux终端，运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录，新建apps文件夹，用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...

在保持细胞结构完整的条件下，借助细胞中的化学反应在细胞原位确定化学成分的分布、量及其在细胞活动中的动态变化的技术，达到定性、定位和相对定量的目的，用以阐明化学成分在细胞中的功能、与...

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参考链接: https://github.com/hbctraining/scRNA-seq_online/blob/master/lessons/01_intro_to_scRNA-seq.md 我们为什么需要单细胞RNA测序 人类各种组织之间细胞的类型，状态和相互作用差异巨...

参考链接: https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 建立 Seurat 对象 示例数据为10X Genomics的外周血单个核细胞（PBMC）数据集，含有2700个单细胞，使用Illumina NextSeq...

本文精读 Qin 等发表于 European Heart Journal 的研究，梳理瓣叶内出血、铁沉积与 ALOX5–ACSL4 相关脂质过氧化如何连接主动脉瓣病变。笔记结合人组织、多组学、VIC 药理、小鼠模型及人群队列...

Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk. Zhou Q, Cao H, Hang X, Liang H, Zhu M, Fan Y, Shi J, Dong N, He X. Midkine Prevents C...

本研究探讨了活化血小板对钙化性主动脉瓣狭窄（CAVS）进展的影响。结果显示，活化血小板通过分泌ADP促进心脏瓣膜间质细胞（VICs）的成骨程序，进一步导致钙化。研究利用多种技术（如SEM、免疫荧...