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下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh-香草杏仁

下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh

这篇文章介绍了一个多线程下载NCBI数据库中SRA文件的脚本download_sra.sh。使用前需要确认已安装sra-tools。该脚本通过prefetch命令,可以高效地下载各种SRA文件,包括bulk-seq和single cell原...
聚类分析-HBC lesson 7-香草杏仁

聚类分析-HBC lesson 7

学习内容 学会选择合适的PCs用于聚类分析 聚类的方法 目标 产生细胞类型特异性聚类,并使用已知的细胞类型标记基因来确定聚类的身份。 确定集群是否代表真正的细胞类型或由于生物或技术差异而产...
细胞工程-香草杏仁

细胞工程

核酸导入技术 将特异的核酸(DNA或RNA)导入到真核细胞中 ,以研究蛋白特性、调控基因表达、调节细胞行为等 常用的核酸导入方法 化学方法:构建非病毒载体(脂质体、DEAE-葡聚糖法、磷酸钙法导入...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征-香草杏仁

NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征

 题目:Sex-specific lipidomic signatures in aortic valve disease reflect differential fibro-calcific progression期刊:Nature Communications(2025)DOI:10.1038/s41467-025-60411-2...
细胞聚类的质控-HBC lesson 8-香草杏仁

细胞聚类的质控-HBC lesson 8

学习内容 评估是否存在聚类的假象 用PCA和UMAP图来确定聚类的质量,并了解何时需要重新聚类 评估已知的细胞类型标志物以假设集群的细胞类型身份 目标 确定集群是否代表真正的细胞类型或由于生物...
Circulation:重激活氧化的sGC作为减缓AVS进展的新治疗策略-香草杏仁

Circulation:重激活氧化的sGC作为减缓AVS进展的新治疗策略

本研究探讨了通过重新激活氧化状态下的可溶性鸟苷酸环化酶(sGC)作为一种减缓钙化性主动脉瓣狭窄(FCAVS)进展的新治疗策略。FCAVS是一种常见于老年人的心血管疾病,现有药物治疗效果有限,目...
Ubuntu防火墙配置-香草杏仁

Ubuntu防火墙配置

Created time: December 22, 2021 7:49 PM 参考链接: https://blog.csdn.net/willingtolove/article/details/109863064 ​​ Ubuntu系统默认是安装了ufw防火墙的。查看防火墙的状态: sudo ufw ...
分析准备与读取数据-HBC lesson 3-香草杏仁

分析准备与读取数据-HBC lesson 3

本篇教程将会帮助你理解如何获得单细胞RNA测序实验中的数据。 基因表达定量完成之后,我们需要将这些数据导入R中,以生成可用于执行质控的矩阵。在本课中,我们将讨论计数数据可被导入的格式,...
单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装-香草杏仁

单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程,COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先,需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境,并确保pandas版本低于2.0.0。接着,安...
Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field-香草杏仁

Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field

Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field Article type: Review Files: CIRCRESAHA.116.310060.pdf Publication Year: 201...