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单细胞聚类resolution参数的选择-香草杏仁

单细胞聚类resolution参数的选择

在进行细胞聚类时有两个参数的选择对下游分析的结果影响很大 一个是纳入分析的PCs数,也就是dims参数,选择方法见 关于“数据的维度”(dims参数)的选择 ; 另一个是resolution参数,官方推荐根...
scRNA-seq简介-HBC lesson 1-香草杏仁

scRNA-seq简介-HBC lesson 1

参考链接: https://github.com/hbctraining/scRNA-seq_online/blob/master/lessons/01_intro_to_scRNA-seq.md 我们为什么需要单细胞RNA测序 人类各种组织之间细胞的类型,状态和相互作用差异巨...

.rds和.Rdata

.rds和.Rdata (也称为.rda )文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法(例如write.table相比,保存此方法有多个优点: 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R特定信息(例...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
051330
整合-HBC lesson 6.2-香草杏仁

整合-HBC lesson 6.2

本文主要是翻译,用作参考,还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本,将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型,这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...
激光扫描共聚焦显微镜和超高分辨率显微镜-香草杏仁

激光扫描共聚焦显微镜和超高分辨率显微镜

分子标记物:荧光素 Fluophore 能够吸收能量并在释放能量的过程中发光,吸收短波长的能量后发射出长波长的光。当激发照射停止,发射光也消失 。荧光素都需要知道2个波长: 激发光波长(excitati...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
061820
PromptGenius for ChatGPT | 多语言支持、便捷操作、定期更新的提示词面板-香草杏仁

PromptGenius for ChatGPT | 多语言支持、便捷操作、定期更新的提示词面板

这篇文本介绍了一款强大的提示词生成工具的功能特色,包括分类完善、热门提示词展示、多语言支持、便捷操作、定期更新和开箱即用等。点击下方按钮可直接使用!
Vamond的头像-香草杏仁Vamond3年前
082110
对Seurat对象使用harmony方法整合-香草杏仁

对Seurat对象使用harmony方法整合

Harmony方法在2019年发表在上面nature methods, harmony算法与其他整合算法相比的优势: 整合数据的同时对稀有细胞的敏感性依然很好; 省内存; 适合于更复杂的单细胞分析实验设计,可以比较来...
MJ绘画基础教程--part1 🎨文生图的创作流程参考-香草杏仁

MJ绘画基础教程–part1 🎨文生图的创作流程参考

本文介绍了使用文生图进行绘画的流程,包括输入描述词、选择AI模型、设置尺寸、添加参考图、选择参数等步骤。同时提到了混合图片的方法和咒语解析过程,全面指导新手如何利用文生图进行创作。
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
06150
Seurat基本分析流程-香草杏仁

Seurat基本分析流程

参考链接: https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 建立 Seurat 对象 示例数据为10X Genomics的外周血单个核细胞(PBMC)数据集,含有2700个单细胞,使用Illumina NextSeq...