使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验-香草杏仁

使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验

因为课题研究需要结合参考一篇已发表的单细胞数据,由于该文章只提供的原始fastq文件,所有要下载下来从上游分析开始做起。(如果是是做数据库生信挖掘的也需要下载文件哦)一开始尝试的使用htt...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk.-香草杏仁

Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk.

Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk. Zhou Q, Cao H, Hang X, Liang H, Zhu M, Fan Y, Shi J, Dong N, He X. Midkine Prevents C...

.rds和.Rdata

.rds和.Rdata (也称为.rda )文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法(例如write.table相比,保存此方法有多个优点: 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R特定信息(例...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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生信分析环境配置:conda-香草杏仁

生信分析环境配置:conda

最近由于CPU、内存等降价明显,自己配了一台洋垃圾,双路E5-2696V3, 36核72线程+128G内存,用来学习linux系统和生信分析,自己用目前是足够了,后续如果需求提高了可以升级到256G内存,目前一套...
激光扫描共聚焦显微镜和超高分辨率显微镜-香草杏仁

激光扫描共聚焦显微镜和超高分辨率显微镜

分子标记物:荧光素 Fluophore 能够吸收能量并在释放能量的过程中发光,吸收短波长的能量后发射出长波长的光。当激发照射停止,发射光也消失 。荧光素都需要知道2个波长: 激发光波长(excitati...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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NC文章:磁性纳米颗粒靶向给药缓解瓣膜钙化-香草杏仁

NC文章:磁性纳米颗粒靶向给药缓解瓣膜钙化

本研究通过靶向PAR2的磁性纳米颗粒,实现了针对主动脉瓣钙化的靶向药物递送系统。研究发现PAR2在成骨细胞中高表达,并促进瓣膜钙化,针对PAR2阳性细胞的干预可抑制瓣膜钙化的发展。利用功能化的...
下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh-香草杏仁

下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh

这篇文章介绍了一个多线程下载NCBI数据库中SRA文件的脚本download_sra.sh。使用前需要确认已安装sra-tools。该脚本通过prefetch命令,可以高效地下载各种SRA文件,包括bulk-seq和single cell原...
Nature Genetics:主动脉瓣功能及主动脉瓣狭窄风险相关遗传变异的多性状分析研究-香草杏仁

Nature Genetics:主动脉瓣功能及主动脉瓣狭窄风险相关遗传变异的多性状分析研究

本研究致力于探讨主动脉瓣功能及其与主动脉瓣狭窄(AS)风险相关的遗传变异。通过对UK Biobank中62902名参与者进行相差心血管磁共振成像(cMRI),结合深度学习技术,自动提取了三项关键的生理...
Circulation:动脉钙化与瓣膜钙化的EVs多组学揭示特异调控因子-香草杏仁

Circulation:动脉钙化与瓣膜钙化的EVs多组学揭示特异调控因子

通过全组织蛋白质组学和组织EV囊泡组学,研究发现动脉钙化和瓣膜钙化具有不同的驱动因素。进一步分析揭示了颈动脉斑块和AV钙化组织中的关键蛋白,涉及细胞粘附、迁移、炎症、补体级联反应等途径...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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细胞生物学技术考前参考

核心重点(非官方) 选择题 高严格度条件 不同离心方法的适用性 沉降系数、离心力与什么因素有关? 转录因子重编程 检测细胞增殖或凋亡的手段及检测方法 流式的几个对照组 名词解释 透射电子与...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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