蛋白质-核酸相互作用

报告基因Assay

报告基因：是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因，也就是说，是一个其表达产物非常容易被鉴定的基因。把它的编码序列和基因表达调节序列相融合形成嵌合基因，或与其它目的基因相融合，在调控序列控制下进行表达，从而利用它的表达产物来标定目的基因的表达调控。

常用的报告基因包括：绿色荧光蛋白、半乳糖苷酶、荧光素酶（Luciferase）

检测蛋白质X能否与特定DNA序列的结合，如图构建两个载体，如果X能够与特定序列结合，则报告基因表达，通过对报告基因的检测获得相互作用信息。

电泳迁移率变动（EMSA）

凝胶电泳迁移率变迁分析（Electrophoretic mobility shift assay,EMSA），也称Gel Shift。检测转录因子与DNA结合的能力（in vitro) 。根据实验需要设计标记探针、非标记探针、蛋白特异性抗体等标志物，基于DNA-蛋白或RNA-蛋白复合体在凝胶电泳中具有不同迁移率的现象，当蛋白与特异性核酸结合后，其在凝胶中的迁移率小于游离的核酸。

该图检测X的蛋白与OriC DNA的结合，先用放射性同位素标记DNA探针，再将标记好的DNA与X蛋白孵育，SDS-PAGE跑胶。随着DNA浓度的升高，可以看到形成三个条带，即蛋白-DNA复合物有三个不同的迁移率，表明DNA上可能有三个X蛋白的结合位点。

⭐染色质免疫共沉淀 CHIP

研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

该技术主要应用：

1. 组蛋白修饰研究
2. 转录调控分析
3. 药物开发研究
4. 有丝分裂研究
5. DNA损失与凋亡分析