最新发布第7页
ATVB:主动脉瓣狭窄的性别差异蛋白质组学-香草杏仁

ATVB:主动脉瓣狭窄的性别差异蛋白质组学

本文研究了钙化性主动脉瓣狭窄(AS)中血浆和组织蛋白质组的性别差异。通过LC-MS/ms技术,分析了32名男性和20名女性的血浆样本,发现20种循环蛋白在两性之间存在显著差异。男性的富集蛋白与急性...
Aspera批量下载fastq或sra文件(EBI数据库)-香草杏仁

Aspera批量下载fastq或sra文件(EBI数据库)

本文介绍了如何通过Aspera工具批量下载EBI数据库中的fastq或sra文件。首先,用户需通过conda创建一个新的环境并安装Aspera CLI和sra-tools。在获取到目标文件的下载链接后,可以使用Aspera命令...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond11个月前
04290

windows R 内存管理

在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量,以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object,对于多样本整合的数据来讲最后会很大,每次...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
051000
cellranger的安装-香草杏仁

cellranger的安装

新建一个文件夹 打开linux终端,运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录,新建apps文件夹,用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...
使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验-香草杏仁

使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验

因为课题研究需要结合参考一篇已发表的单细胞数据,由于该文章只提供的原始fastq文件,所有要下载下来从上游分析开始做起。(如果是是做数据库生信挖掘的也需要下载文件哦)一开始尝试的使用htt...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
067290
主动脉瓣组织学分层蛋白组学图谱-香草杏仁

主动脉瓣组织学分层蛋白组学图谱

本研究通过多组学映射生成主动脉瓣的分子图谱,揭示了驱动钙化性主动脉瓣病(CAVD)疾病的网络。研究将瓣膜组织分为正常、纤维化和钙化三个区,分析组学数据并进行免疫荧光验证,发现转录组与蛋...
本地部署Deepseek-R1+知识库构建-香草杏仁

本地部署Deepseek-R1+知识库构建

本文介绍了在本地部署Deepseek-R1模型并构建知识库的步骤,主要分为五个部分。首先,用户需要安装Ollama软件,并通过命令行下载所需的模型。接着,通过访问指定的本地端口,可以在浏览器中查看...
cellranger count 流程-香草杏仁

cellranger count 流程

准备工作:下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38,大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
059490
linux添加环境变量-香草杏仁

linux添加环境变量

"Linux笔记" ubuntu ​​ 在用户主目录下有一个 .bashrc 隐藏文件,可以在此文件中加入 PATH 的设置如下: sudo vim ~/.bashrc 加入: export PATH=<你的要加入的路径>:$PATH e...
蛋白质-核酸相互作用-香草杏仁

蛋白质-核酸相互作用

报告基因Assay 报告基因:是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因,也就是说,是一个其表达产物非常容易被鉴定的基因。把它的编码序列和基因表达调节序列相融合形成嵌合基因,或与其它目的基因相...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
057850