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分析准备与读取数据-HBC lesson 3-香草杏仁

分析准备与读取数据-HBC lesson 3

本篇教程将会帮助你理解如何获得单细胞RNA测序实验中的数据。 基因表达定量完成之后,我们需要将这些数据导入R中,以生成可用于执行质控的矩阵。在本课中,我们将讨论计数数据可被导入的格式,...
Rtools安装-香草杏仁

Rtools安装

出现的问题 最近在学习R语言得过程中,安装了最新版的R4.0.1和R Studio,但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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ChatGPT香草杏仁版-香草杏仁

ChatGPT香草杏仁版

2023. 3. 24 更新!最新版本的ChatGPT已经更新,重新部署并选择了轻量版以提高性能。基于github开源项目,免费使用,无需科学上网。加入密钥验证以避免滥用,仅限本站访客使用。使用API时可选择...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond3年前
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NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征-香草杏仁

NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征

 题目:Sex-specific lipidomic signatures in aortic valve disease reflect differential fibro-calcific progression期刊:Nature Communications(2025)DOI:10.1038/s41467-025-60411-2...
本地部署Deepseek-R1+知识库构建-香草杏仁

本地部署Deepseek-R1+知识库构建

本文介绍了在本地部署Deepseek-R1模型并构建知识库的步骤,主要分为五个部分。首先,用户需要安装Ollama软件,并通过命令行下载所需的模型。接着,通过访问指定的本地端口,可以在浏览器中查看...
蛋白质-核酸相互作用-香草杏仁

蛋白质-核酸相互作用

报告基因Assay 报告基因:是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因,也就是说,是一个其表达产物非常容易被鉴定的基因。把它的编码序列和基因表达调节序列相融合形成嵌合基因,或与其它目的基因相...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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对Seurat对象使用harmony方法整合-香草杏仁

对Seurat对象使用harmony方法整合

Harmony方法在2019年发表在上面nature methods, harmony算法与其他整合算法相比的优势: 整合数据的同时对稀有细胞的敏感性依然很好; 省内存; 适合于更复杂的单细胞分析实验设计,可以比较来...

Seurat安装

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
scRNA-seq数据整合Introduction-香草杏仁

scRNA-seq数据整合Introduction

Seurat不仅可以校正实验的批次效应,还能跨平台整合数据,例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起;也能整合单细胞多组学数据,例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转...
归一化并去除不需要的变异-HBC lesson 6.1-香草杏仁

归一化并去除不需要的变异-HBC lesson 6.1

在我们可以聚类细胞并识别不同的潜在细胞类型之前,我们还有几个步骤。我们的数据集有两个样本来自两个不同的条件(控制和刺激),所以整合这些样本,以更好地进行比较可能是有帮助的。我们需要...