香草杏仁 - 个人学习生活笔记-最新发布-第7页

单细胞聚类resolution参数的选择

在进行细胞聚类时有两个参数的选择对下游分析的结果影响很大一个是纳入分析的PCs数，也就是dims参数，选择方法见关于“数据的维度”(dims参数)的选择；另一个是resolution参数，官方推荐根...

Vamond5年前

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“归一化”与“标准化”

参考链接: https://mp.weixin.qq.com/s/6ioR3JE0wKg6M-YAsLBcTA 关于归一化和标准化的翻译看了很多中文资料，发现还是有争议的，在seurat中主要是两个函数：NormalizeData()和ScaleData() ，其...

R基础单细胞 # R

Vamond5年前

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关于“数据的维度”(dims参数)的选择

关于“数据的维度”(dims参数)的选择 Created time: Apr 13, 2021 12:07 PM Tags: R, Seurat, scRNA-seq 完成PCA之后，我们获得了该数据集的所有主成分（PCs）信息，但是如何决定纳入多少个主成...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

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Rtools安装

出现的问题最近在学习R语言得过程中，安装了最新版的R4.0.1和R Studio，但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...

R基础 # R

Vamond5年前

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Seurat安装

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

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细胞化学技术

在保持细胞结构完整的条件下，借助细胞中的化学反应在细胞原位确定化学成分的分布、量及其在细胞活动中的动态变化的技术，达到定性、定位和相对定量的目的，用以阐明化学成分在细胞中的功能、与...

实验技术 # biotech

Vamond5年前

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Seurat基本分析流程

参考链接: https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 建立 Seurat 对象示例数据为10X Genomics的外周血单个核细胞（PBMC）数据集，含有2700个单细胞，使用Illumina NextSeq...

单细胞 # R # scRNA-seq # Seurat

Vamond5年前

072120

Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk.

Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk. Zhou Q, Cao H, Hang X, Liang H, Zhu M, Fan Y, Shi J, Dong N, He X. Midkine Prevents C...

文献笔记 # 钙化 # 细胞 # 分析

Vamond3年前

048410