在我们我们获得高质量的单细胞数据后，单细胞RNA测序分析工作流程的下一步是进行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分离成独特的细胞群。为了执行聚类，我们需要确定细胞间表达差异最大的基因...

前言 最近在学习单细胞转录组的上游分析，不得已安装了ubuntu18.04系统，第一次使用linux，怪不习惯的，而且很多在win10平台下很方便的功能在linux下找到替代会稍微费点精力。 比如我习惯后台跑...

本文介绍了使用文生图进行绘画的流程，包括输入描述词、选择AI模型、设置尺寸、添加参考图、选择参数等步骤。同时提到了混合图片的方法和咒语解析过程，全面指导新手如何利用文生图进行创作。

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程，COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先，需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境，并确保pandas版本低于2.0.0。接着，安...

本文介绍了在MJ绘画基础教程中，针对生图进行进一步操作的方法，包括单张放大、微调、倍数放大、图像变化、细化局部、拓展和平移等技术。通过这些操作，可以对图片进行精细处理和扩展，以达到更...

准备工作：下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...

基本技术 细胞的分离和原代培养 猪VICs的分离培养（以我自己使用的原代细胞为例） 将4-6月龄的猪使用丙泊酚诱导麻醉后，静脉注射氯化钾处死； 开胸后分离结扎主动脉、上腔静脉、下腔静脉，摘除...

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境，包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具，并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。

​​ conda的下载与安装 创建小环境并在其内安装软件 创建名为rna-seq​的小环境 # conda create -n [名称]，后面是要安装的主要软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ...

Seurat不仅可以校正实验的批次效应，还能跨平台整合数据，例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起；也能整合单细胞多组学数据，例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转...