最新发布第5页
cellranger count 流程-香草杏仁

cellranger count 流程

准备工作:下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38,大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
059050
从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2-香草杏仁

从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2

根据所使用的建库方法,单细胞的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10X Genomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本(Smart-seq)获得。 参...
分析准备与读取数据-HBC lesson 3-香草杏仁

分析准备与读取数据-HBC lesson 3

本篇教程将会帮助你理解如何获得单细胞RNA测序实验中的数据。 基因表达定量完成之后,我们需要将这些数据导入R中,以生成可用于执行质控的矩阵。在本课中,我们将讨论计数数据可被导入的格式,...
整合-HBC lesson 6.2-香草杏仁

整合-HBC lesson 6.2

本文主要是翻译,用作参考,还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本,将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型,这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...
归一化并去除不需要的变异-HBC lesson 6.1-香草杏仁

归一化并去除不需要的变异-HBC lesson 6.1

在我们可以聚类细胞并识别不同的潜在细胞类型之前,我们还有几个步骤。我们的数据集有两个样本来自两个不同的条件(控制和刺激),所以整合这些样本,以更好地进行比较可能是有帮助的。我们需要...
Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field-香草杏仁

Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field

Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field Article type: Review Files: CIRCRESAHA.116.310060.pdf Publication Year: 201...
本地部署Deepseek-R1+知识库构建-香草杏仁

本地部署Deepseek-R1+知识库构建

本文介绍了在本地部署Deepseek-R1模型并构建知识库的步骤,主要分为五个部分。首先,用户需要安装Ollama软件,并通过命令行下载所需的模型。接着,通过访问指定的本地端口,可以在浏览器中查看...
细胞培养的基本技术与知识-香草杏仁

细胞培养的基本技术与知识

基本技术 细胞的分离和原代培养 猪VICs的分离培养(以我自己使用的原代细胞为例) 将4-6月龄的猪使用丙泊酚诱导麻醉后,静脉注射氯化钾处死; 开胸后分离结扎主动脉、上腔静脉、下腔静脉,摘除...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
058580

Seurat安装

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...