Harmony方法在2019年发表在上面nature methods， harmony算法与其他整合算法相比的优势： 整合数据的同时对稀有细胞的敏感性依然很好； 省内存； 适合于更复杂的单细胞分析实验设计，可以比较来...

这篇文章介绍了一个多线程下载NCBI数据库中SRA文件的脚本download_sra.sh。使用前需要确认已安装sra-tools。该脚本通过prefetch命令，可以高效地下载各种SRA文件，包括bulk-seq和single cell原...

分子标记物：荧光素 Fluophore 能够吸收能量并在释放能量的过程中发光，吸收短波长的能量后发射出长波长的光。当激发照射停止，发射光也消失 。荧光素都需要知道2个波长： 激发光波长（excitati...

准备工作：下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程，COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先，需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境，并确保pandas版本低于2.0.0。接着，安...

本研究旨在探讨二叶式主动脉瓣（BAV）的基因组和转录组学特征，以揭示其遗传机制。BAV 是一种常见的先天性心脏缺陷，尽管其遗传性较强，但目前已知的单基因突变仅能解释部分病例。为了解决这一...

​​ 主要研究结果 SORT1与AS的遗传关联 ​​ 对SORT1基因组50kb范围的555个变体进行meta分析： 11个变体与AS显著相关，但可能仅包含一个独立的信号 ​​ sortlin缺失减弱主动脉瓣狭窄的发展并...

本文主要是翻译，用作参考，还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本，将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型，这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...

系统：ubuntu20.04 创建挂载目录 sudo mkdir /mnt/data 磁盘查看磁盘信息 # 列出磁盘 lsblk # 查看磁盘UUID sudo blkid ### 输出中找到自己想挂载的磁盘，比如下面这个 ### /dev/sda1: LABEL='d...

本文研究了钙化性主动脉瓣狭窄（AS）中血浆和组织蛋白质组的性别差异。通过LC-MS/ms技术，分析了32名男性和20名女性的血浆样本，发现20种循环蛋白在两性之间存在显著差异。男性的富集蛋白与急性...