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cellranger的安装
新建一个文件夹 打开linux终端,运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录,新建apps文件夹,用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...
生信分析环境配置:conda
最近由于CPU、内存等降价明显,自己配了一台洋垃圾,双路E5-2696V3, 36核72线程+128G内存,用来学习linux系统和生信分析,自己用目前是足够了,后续如果需求提高了可以升级到256G内存,目前一套...
从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2
根据所使用的建库方法,单细胞的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10X Genomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本(Smart-seq)获得。 参...
分析准备与读取数据-HBC lesson 3
本篇教程将会帮助你理解如何获得单细胞RNA测序实验中的数据。 基因表达定量完成之后,我们需要将这些数据导入R中,以生成可用于执行质控的矩阵。在本课中,我们将讨论计数数据可被导入的格式,...
整合后的细胞标记物鉴别-HBC lesson 9
目标: 确定每个类群的基因标记物 使用标记物识别每个类群的细胞类型 根据细胞类型标记物来判断是否需要重新分组,或许需要合并或拆分聚类的类群 挑战: 对结果的过度解读 结合不同类型的标记物...
蛋白质-蛋白质相互作用
酵母双杂交(yeast two-hybrid) 酵母双杂交系统是在真核模式生物酵母中进行的,研究活细胞内蛋白质相互作用,是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。 当我们将已知基因编码的蛋白作...
归一化并去除不需要的变异-HBC lesson 6.1
在我们可以聚类细胞并识别不同的潜在细胞类型之前,我们还有几个步骤。我们的数据集有两个样本来自两个不同的条件(控制和刺激),所以整合这些样本,以更好地进行比较可能是有帮助的。我们需要...
Resistin: Potential biomarker and therapeutic target in atherosclerosis
Zhou, Li, Jun-Yi Li, Ping-Ping He, Xiao-Hua Yu, and Chao-Ke Tang. “Resistin: Potential Biomarker and Therapeutic Target in Atherosclerosis.” Clinica Chimica Acta; International J...
linux中的usr和bin目录
首先注意 usr 指 Unix System Resource,而不是user /usr/bin:系统预装的一些可执行程序,随系统升级会改变 /usr/local/bin:用户安装的可执行程序,不受系统升级影响,用户编译...

















啦噜噜2个月前0
发现宝藏collagen3个月前0
好久不见,学长工作了吗?还是在读博?miaomiaomiao2年前0
回顾一下LBL2年前0
不错👍KT2年前0
汝甚秀,吾不及汝LBL2年前0
太强了 优秀KT2年前0
确实xmq2年前0
太棒了,之前用的等候回答卡的要死,还动不动显示error,这个真的反应很快!