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单细胞聚类resolution参数的选择-香草杏仁

单细胞聚类resolution参数的选择

在进行细胞聚类时有两个参数的选择对下游分析的结果影响很大 一个是纳入分析的PCs数,也就是dims参数,选择方法见 关于“数据的维度”(dims参数)的选择 ; 另一个是resolution参数,官方推荐根...
Circulation:动脉钙化与瓣膜钙化的EVs多组学揭示特异调控因子-香草杏仁

Circulation:动脉钙化与瓣膜钙化的EVs多组学揭示特异调控因子

通过全组织蛋白质组学和组织EV囊泡组学,研究发现动脉钙化和瓣膜钙化具有不同的驱动因素。进一步分析揭示了颈动脉斑块和AV钙化组织中的关键蛋白,涉及细胞粘附、迁移、炎症、补体级联反应等途径...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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linux常用命令:tar-香草杏仁

linux常用命令:tar

​​ Linux tar(英文全拼:tape archive )命令用于备份文件。 ​tar​是用来建立,还原备份文件的工具程序,它可以加入,解开备份文件内的文件。 备份文件不完全等同于压缩文件,linux中的备...
激光扫描共聚焦显微镜和超高分辨率显微镜-香草杏仁

激光扫描共聚焦显微镜和超高分辨率显微镜

分子标记物:荧光素 Fluophore 能够吸收能量并在释放能量的过程中发光,吸收短波长的能量后发射出长波长的光。当激发照射停止,发射光也消失 。荧光素都需要知道2个波长: 激发光波长(excitati...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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生信分析环境搭建--conda+jupyter-香草杏仁

生信分析环境搭建–conda+jupyter

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境,包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具,并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。
归一化与主成分分析-HBC lesson 5-香草杏仁

归一化与主成分分析-HBC lesson 5

在我们我们获得高质量的单细胞数据后,单细胞RNA测序分析工作流程的下一步是进行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分离成独特的细胞群。为了执行聚类,我们需要确定细胞间表达差异最大的基因...
EHJ:活化的血小板促进成骨并推动钙化性主动脉瓣狭窄的进展-香草杏仁

EHJ:活化的血小板促进成骨并推动钙化性主动脉瓣狭窄的进展

本研究探讨了活化血小板对钙化性主动脉瓣狭窄(CAVS)进展的影响。结果显示,活化血小板通过分泌ADP促进心脏瓣膜间质细胞(VICs)的成骨程序,进一步导致钙化。研究利用多种技术(如SEM、免疫荧...
单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装-香草杏仁

单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程,COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先,需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境,并确保pandas版本低于2.0.0。接着,安...
MJ绘画基础教程--part2🖌️生图之后的进一步操作-香草杏仁

MJ绘画基础教程–part2🖌️生图之后的进一步操作

本文介绍了在MJ绘画基础教程中,针对生图进行进一步操作的方法,包括单张放大、微调、倍数放大、图像变化、细化局部、拓展和平移等技术。通过这些操作,可以对图片进行精细处理和扩展,以达到更...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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