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细胞工程-香草杏仁

细胞工程

核酸导入技术 将特异的核酸(DNA或RNA)导入到真核细胞中 ,以研究蛋白特性、调控基因表达、调节细胞行为等 常用的核酸导入方法 化学方法:构建非病毒载体(脂质体、DEAE-葡聚糖法、磷酸钙法导入...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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对Seurat对象使用harmony方法整合-香草杏仁

对Seurat对象使用harmony方法整合

Harmony方法在2019年发表在上面nature methods, harmony算法与其他整合算法相比的优势: 整合数据的同时对稀有细胞的敏感性依然很好; 省内存; 适合于更复杂的单细胞分析实验设计,可以比较来...
ATVB:主动脉瓣狭窄的性别差异蛋白质组学-香草杏仁

ATVB:主动脉瓣狭窄的性别差异蛋白质组学

本文研究了钙化性主动脉瓣狭窄(AS)中血浆和组织蛋白质组的性别差异。通过LC-MS/ms技术,分析了32名男性和20名女性的血浆样本,发现20种循环蛋白在两性之间存在显著差异。男性的富集蛋白与急性...
使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验-香草杏仁

使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验

因为课题研究需要结合参考一篇已发表的单细胞数据,由于该文章只提供的原始fastq文件,所有要下载下来从上游分析开始做起。(如果是是做数据库生信挖掘的也需要下载文件哦)一开始尝试的使用htt...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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流式细胞术简介-香草杏仁

流式细胞术简介

流式细胞术(Flow Cytometry,FCM,FACS)是以流式细胞仪为检测手段的一项能快速、精确的对单个细胞(或生物学颗粒)的理化特性进行多参数定量分析和分选的技术。 流式细胞仪的结构和原理 分析型...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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Seurat安装

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
通过注释文件计算线粒体序列比例-香草杏仁

通过注释文件计算线粒体序列比例

经验证,人类样本的单细胞分析使用seurat教程的方法计算线粒体序列比例与此方法结果一致,但对于其他物种,建议使用此方法。 使用注释文件生成线粒体计数指标 我们将使用AnnotationHub,它允许...
生信分析环境搭建--conda+jupyter-香草杏仁

生信分析环境搭建–conda+jupyter

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境,包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具,并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。
整合-HBC lesson 6.2-香草杏仁

整合-HBC lesson 6.2

本文主要是翻译,用作参考,还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本,将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型,这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...