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cellranger count 流程-香草杏仁

cellranger count 流程

准备工作:下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38,大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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通过注释文件计算线粒体序列比例-香草杏仁

通过注释文件计算线粒体序列比例

经验证,人类样本的单细胞分析使用seurat教程的方法计算线粒体序列比例与此方法结果一致,但对于其他物种,建议使用此方法。 使用注释文件生成线粒体计数指标 我们将使用AnnotationHub,它允许...
🌟立即升级你的链接!打造个性化艺术二维码!-香草杏仁

🌟立即升级你的链接!打造个性化艺术二维码!

本文介绍了如何使用杏仁AI创意工坊生成个性化艺术二维码,包括进入艺术二维码页面、使用模板生成和自定义生成的操作流程,让二维码更具特色,增加记忆点。
单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装-香草杏仁

单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程,COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先,需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境,并确保pandas版本低于2.0.0。接着,安...
从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2-香草杏仁

从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2

根据所使用的建库方法,单细胞的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10X Genomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本(Smart-seq)获得。 参...
整合-HBC lesson 6.2-香草杏仁

整合-HBC lesson 6.2

本文主要是翻译,用作参考,还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本,将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型,这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...
scRNA-seq简介-HBC lesson 1-香草杏仁

scRNA-seq简介-HBC lesson 1

参考链接: https://github.com/hbctraining/scRNA-seq_online/blob/master/lessons/01_intro_to_scRNA-seq.md 我们为什么需要单细胞RNA测序 人类各种组织之间细胞的类型,状态和相互作用差异巨...
ChatGPT香草杏仁版-香草杏仁

ChatGPT香草杏仁版

2023. 3. 24 更新!最新版本的ChatGPT已经更新,重新部署并选择了轻量版以提高性能。基于github开源项目,免费使用,无需科学上网。加入密钥验证以避免滥用,仅限本站访客使用。使用API时可选择...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond3年前
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电镜技术-香草杏仁

电镜技术

电镜技术 电子显微镜以电子射线作为照明光源,以电磁场作为透镜,具有高分辨率和放大倍率的显微镜。电镜用于研究组织和细胞的超微结构。 电子与样品作用后产生的电子信号主要有:透射电子和二次...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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归一化并去除不需要的变异-HBC lesson 6.1-香草杏仁

归一化并去除不需要的变异-HBC lesson 6.1

在我们可以聚类细胞并识别不同的潜在细胞类型之前,我们还有几个步骤。我们的数据集有两个样本来自两个不同的条件(控制和刺激),所以整合这些样本,以更好地进行比较可能是有帮助的。我们需要...