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电镜技术-香草杏仁

电镜技术

电镜技术 电子显微镜以电子射线作为照明光源,以电磁场作为透镜,具有高分辨率和放大倍率的显微镜。电镜用于研究组织和细胞的超微结构。 电子与样品作用后产生的电子信号主要有:透射电子和二次...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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Seurat安装-香草杏仁

Seurat安装

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
细胞生物学技术考前参考-香草杏仁

细胞生物学技术考前参考

核心重点(非官方) 选择题 高严格度条件 不同离心方法的适用性 沉降系数、离心力与什么因素有关? 转录因子重编程 检测细胞增殖或凋亡的手段及检测方法 流式的几个对照组 名词解释 透射电子与...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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.rds和.Rdata(.rda)-香草杏仁

.rds和.Rdata(.rda)

​​ ​.rds​和.Rdata​ (也称为.rda​ )文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法(例如write.table相比,保存此方法有多个优点: 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R...
使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验-香草杏仁

使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验

因为课题研究需要结合参考一篇已发表的单细胞数据,由于该文章只提供的原始fastq文件,所有要下载下来从上游分析开始做起。(如果是是做数据库生信挖掘的也需要下载文件哦)一开始尝试的使用htt...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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“归一化”与“标准化”-香草杏仁

“归一化”与“标准化”

参考链接: https://mp.weixin.qq.com/s/6ioR3JE0wKg6M-YAsLBcTA 关于归一化和标准化的翻译看了很多中文资料,发现还是有争议的,在seurat中主要是两个函数:NormalizeData()和ScaleData() ,其...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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Aspera批量下载fastq或sra文件(EBI数据库)-香草杏仁

Aspera批量下载fastq或sra文件(EBI数据库)

本文介绍了如何通过Aspera工具批量下载EBI数据库中的fastq或sra文件。首先,用户需通过conda创建一个新的环境并安装Aspera CLI和sra-tools。在获取到目标文件的下载链接后,可以使用Aspera命令...
linux添加环境变量-香草杏仁

linux添加环境变量

"Linux笔记" ubuntu ​​ 在用户主目录下有一个 .bashrc 隐藏文件,可以在此文件中加入 PATH 的设置如下: sudo vim ~/.bashrc 加入: export PATH=<你的要加入的路径>:$PATH e...
使用singleR预测细胞类型-香草杏仁

使用singleR预测细胞类型

SingleR是用于单细胞RNA测序(scRNAseq)数据的自动注释方法(Aran et al.2019)。给定具有已知标签的样本(单细胞或RNAseq)参考数据集,它将基于与参考数据的相似性标记测试数据集中的新细胞...
NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征-香草杏仁

NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征

 题目:Sex-specific lipidomic signatures in aortic valve disease reflect differential fibro-calcific progression期刊:Nature Communications(2025)DOI:10.1038/s41467-025-60411-2...