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Sortilin enhances fibrosis and calcification in aortic valve disease by inducing interstitial cell heterogeneity-香草杏仁

Sortilin enhances fibrosis and calcification in aortic valve disease by inducing interstitial cell heterogeneity

​​ 主要研究结果 SORT1与AS的遗传关联 ​​ 对SORT1基因组50kb范围的555个变体进行meta分析: 11个变体与AS显著相关,但可能仅包含一个独立的信号 ​​ sortlin缺失减弱主动脉瓣狭窄的发展并...
归一化与主成分分析-HBC lesson 5-香草杏仁

归一化与主成分分析-HBC lesson 5

在我们我们获得高质量的单细胞数据后,单细胞RNA测序分析工作流程的下一步是进行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分离成独特的细胞群。为了执行聚类,我们需要确定细胞间表达差异最大的基因...

windows R 内存管理

在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量,以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object,对于多样本整合的数据来讲最后会很大,每次...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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细胞培养的基本技术与知识-香草杏仁

细胞培养的基本技术与知识

基本技术 细胞的分离和原代培养 猪VICs的分离培养(以我自己使用的原代细胞为例) 将4-6月龄的猪使用丙泊酚诱导麻醉后,静脉注射氯化钾处死; 开胸后分离结扎主动脉、上腔静脉、下腔静脉,摘除...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装-香草杏仁

单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程,COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先,需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境,并确保pandas版本低于2.0.0。接着,安...
支持linux平台的截图神器flameshot-香草杏仁

支持linux平台的截图神器flameshot

前言 最近在学习单细胞转录组的上游分析,不得已安装了ubuntu18.04系统,第一次使用linux,怪不习惯的,而且很多在win10平台下很方便的功能在linux下找到替代会稍微费点精力。 比如我习惯后台跑...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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使用singleR预测细胞类型-香草杏仁

使用singleR预测细胞类型

SingleR是用于单细胞RNA测序(scRNAseq)数据的自动注释方法(Aran et al.2019)。给定具有已知标签的样本(单细胞或RNAseq)参考数据集,它将基于与参考数据的相似性标记测试数据集中的新细胞...
Ubuntu防火墙配置-香草杏仁

Ubuntu防火墙配置

Created time: December 22, 2021 7:49 PM 参考链接: https://blog.csdn.net/willingtolove/article/details/109863064 ​​ Ubuntu系统默认是安装了ufw防火墙的。查看防火墙的状态: sudo ufw ...