细胞生物学技术考前参考
核心重点（非官方） 选择题 高严格度条件 不同离心方法的适用性 沉降系数、离心力与什么因素有关？ 转录因子重编程 检测细胞增殖或凋亡的手段及检测方法 流式的几个对照组 名词解释 透射电子与...
支持linux平台的截图神器flameshot
前言 最近在学习单细胞转录组的上游分析，不得已安装了ubuntu18.04系统，第一次使用linux，怪不习惯的，而且很多在win10平台下很方便的功能在linux下找到替代会稍微费点精力。 比如我习惯后台跑...
生信分析环境配置：conda
最近由于CPU、内存等降价明显，自己配了一台洋垃圾，双路E5-2696V3, 36核72线程+128G内存，用来学习linux系统和生信分析，自己用目前是足够了，后续如果需求提高了可以升级到256G内存，目前一套...
Seurat安装
从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
离心分离技术
离心分离技术 离心技术的基本概念 利用溶液中颗粒密度、大小等特性，用旋转产生的离心力使不同特性颗粒在溶液中分离并沉降，从而达到分离、浓缩、 提纯的目的，称为离心技术。 离心分离三要素：...
A disease-driver population within interstitial cells of human calcific aortic valves identified via single-cell and proteomic profiling （Cell Reports IF=9.4）
'single-cell RNA seq'，'干细胞与转分化'。参与CAVD疾病驱动VICs亚群DDP-VICs（CD44^high^CD29^+^CD59^+^CD73^+^CD45^low^） 总结 作者通过高通量流式检测鉴定出一个参与CAVD疾病驱动VICs...
通过注释文件计算线粒体序列比例
经验证，人类样本的单细胞分析使用seurat教程的方法计算线粒体序列比例与此方法结果一致，但对于其他物种，建议使用此方法。 使用注释文件生成线粒体计数指标 我们将使用AnnotationHub，它允许...
conda的使用
conda的下载与安装 创建小环境并在其内安装软件 创建名为rna-seq的小环境 # conda create -n [名称]，后面是要安装的主要软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ...
从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2
根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10X Genomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本（Smart-seq）获得。 参...
cellranger的安装
新建一个文件夹 打开linux终端，运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录，新建apps文件夹，用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...