支持linux平台的截图神器flameshot
前言 最近在学习单细胞转录组的上游分析，不得已安装了ubuntu18.04系统，第一次使用linux，怪不习惯的，而且很多在win10平台下很方便的功能在linux下找到替代会稍微费点精力。 比如我习惯后台跑...
聚类分析-HBC lesson 7
学习内容 学会选择合适的PCs用于聚类分析 聚类的方法 目标 产生细胞类型特异性聚类，并使用已知的细胞类型标记基因来确定聚类的身份。 确定集群是否代表真正的细胞类型或由于生物或技术差异而产...
Seurat安装
从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
Rtools安装
出现的问题 最近在学习R语言得过程中，安装了最新版的R4.0.1和R Studio，但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...
通过注释文件计算线粒体序列比例
经验证，人类样本的单细胞分析使用seurat教程的方法计算线粒体序列比例与此方法结果一致，但对于其他物种，建议使用此方法。 使用注释文件生成线粒体计数指标 我们将使用AnnotationHub，它允许...
A disease-driver population within interstitial cells of human calcific aortic valves identified via single-cell and proteomic profiling （Cell Reports IF=9.4）
'single-cell RNA seq'，'干细胞与转分化'。参与CAVD疾病驱动VICs亚群DDP-VICs（CD44^high^CD29^+^CD59^+^CD73^+^CD45^low^） 总结 作者通过高通量流式检测鉴定出一个参与CAVD疾病驱动VICs...
cellranger的安装
新建一个文件夹 打开linux终端，运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录，新建apps文件夹，用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...
细胞聚类的质控-HBC lesson 8
学习内容 评估是否存在聚类的假象 用PCA和UMAP图来确定聚类的质量，并了解何时需要重新聚类 评估已知的细胞类型标志物以假设集群的细胞类型身份 目标 确定集群是否代表真正的细胞类型或由于生物...
conda的使用
conda的下载与安装 创建小环境并在其内安装软件 创建名为rna-seq的小环境 # conda create -n [名称]，后面是要安装的主要软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ...
Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field
Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field Article type: Review Files: CIRCRESAHA.116.310060.pdf Publication Year: 201...