cellranger count 流程-香草杏仁

cellranger count 流程

准备工作:下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38,大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2-香草杏仁

从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2

根据所使用的建库方法,单细胞的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10X Genomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本(Smart-seq)获得。 参...
EHJ:Lumican通过H3组蛋白乳酸化促进CAVD-香草杏仁

EHJ:Lumican通过H3组蛋白乳酸化促进CAVD

本研究探讨了Lumican(LUM)在钙化主动脉瓣病(CAVD)中的作用。通过单细胞RNA测序分析发现,LUM在VICs的转变中发挥关键作用,并促进H3组蛋白乳酸化,进而加速钙化过程。去除LUM可改善钙化情况...
linux常用命令: systemctl-香草杏仁

linux常用命令: systemctl

​​ linux系统结构/lib/systemd/system​目录 根据 Linux 惯例,字母d​是守护进程(daemon)的缩写。 Systemd 这个名字的含义,就是它要守护整个系统。 该目录自动存放启动文件的配置位置,里...

windows R 内存管理

在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量,以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object,对于多样本整合的数据来讲最后会很大,每次...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
051390
NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征-香草杏仁

NC文章:FCAVD的性别特异性脂质组学特征

 题目:Sex-specific lipidomic signatures in aortic valve disease reflect differential fibro-calcific progression期刊:Nature Communications(2025)DOI:10.1038/s41467-025-60411-2...
单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装-香草杏仁

单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程,COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先,需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境,并确保pandas版本低于2.0.0。接着,安...
主动脉瓣组织学分层蛋白组学图谱-香草杏仁

主动脉瓣组织学分层蛋白组学图谱

本研究通过多组学映射生成主动脉瓣的分子图谱,揭示了驱动钙化性主动脉瓣病(CAVD)疾病的网络。研究将瓣膜组织分为正常、纤维化和钙化三个区,分析组学数据并进行免疫荧光验证,发现转录组与蛋...
.rds和.Rdata(.rda)-香草杏仁

.rds和.Rdata(.rda)

​​ ​.rds​和.Rdata​ (也称为.rda​ )文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法(例如write.table相比,保存此方法有多个优点: 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R...