根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10X Genomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本（Smart-seq）获得。 参...

前言 最近在学习单细胞转录组的上游分析，不得已安装了ubuntu18.04系统，第一次使用linux，怪不习惯的，而且很多在win10平台下很方便的功能在linux下找到替代会稍微费点精力。 比如我习惯后台跑...

新建一个文件夹 打开linux终端，运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录，新建apps文件夹，用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...

这篇文章介绍了一个多线程下载NCBI数据库中SRA文件的脚本download_sra.sh。使用前需要确认已安装sra-tools。该脚本通过prefetch命令，可以高效地下载各种SRA文件，包括bulk-seq和single cell原...

目标： 确定每个类群的基因标记物 使用标记物识别每个类群的细胞类型 根据细胞类型标记物来判断是否需要重新分组，或许需要合并或拆分聚类的类群 挑战： 对结果的过度解读 结合不同类型的标记物...

核酸导入技术 将特异的核酸(DNA或RNA)导入到真核细胞中 ，以研究蛋白特性、调控基因表达、调节细胞行为等 常用的核酸导入方法 化学方法：构建非病毒载体（脂质体、DEAE-葡聚糖法、磷酸钙法导入...

参考链接: https://github.com/hbctraining/scRNA-seq_online/blob/master/lessons/01_intro_to_scRNA-seq.md 我们为什么需要单细胞RNA测序 人类各种组织之间细胞的类型，状态和相互作用差异巨...

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...