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linux常用命令: systemctl-香草杏仁

linux常用命令: systemctl

​​ linux系统结构/lib/systemd/system​目录 根据 Linux 惯例,字母d​是守护进程(daemon)的缩写。 Systemd 这个名字的含义,就是它要守护整个系统。 该目录自动存放启动文件的配置位置,里...
从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2-香草杏仁

从原始数据到表达矩阵-HBC lesson 2

根据所使用的建库方法,单细胞的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10X Genomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本(Smart-seq)获得。 参...
蛋白质-核酸相互作用-香草杏仁

蛋白质-核酸相互作用

报告基因Assay 报告基因:是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因,也就是说,是一个其表达产物非常容易被鉴定的基因。把它的编码序列和基因表达调节序列相融合形成嵌合基因,或与其它目的基因相...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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EHJ:活化的血小板促进成骨并推动钙化性主动脉瓣狭窄的进展-香草杏仁

EHJ:活化的血小板促进成骨并推动钙化性主动脉瓣狭窄的进展

本研究探讨了活化血小板对钙化性主动脉瓣狭窄(CAVS)进展的影响。结果显示,活化血小板通过分泌ADP促进心脏瓣膜间质细胞(VICs)的成骨程序,进一步导致钙化。研究利用多种技术(如SEM、免疫荧...
关于“数据的维度”(dims参数)的选择-香草杏仁

关于“数据的维度”(dims参数)的选择

关于“数据的维度”(dims参数)的选择 Created time: Apr 13, 2021 12:07 PM Tags: R, Seurat, scRNA-seq 完成PCA之后,我们获得了该数据集的所有主成分(PCs)信息,但是如何决定纳入多少个主成...
Rtools安装-香草杏仁

Rtools安装

出现的问题 最近在学习R语言得过程中,安装了最新版的R4.0.1和R Studio,但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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分析准备与读取数据-HBC lesson 3-香草杏仁

分析准备与读取数据-HBC lesson 3

本篇教程将会帮助你理解如何获得单细胞RNA测序实验中的数据。 基因表达定量完成之后,我们需要将这些数据导入R中,以生成可用于执行质控的矩阵。在本课中,我们将讨论计数数据可被导入的格式,...

windows R 内存管理

在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量,以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object,对于多样本整合的数据来讲最后会很大,每次...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
051090
QC(质控)-HBC lesson 4-香草杏仁

QC(质控)-HBC lesson 4

QC(质控)-HBC lesson 4 在这一章你将会学到: 构建质控指标并使用相关图像可视化数据质量 估算质控指标并设置阈值去除低质量的细胞 单细胞数据分析流程的每个步骤都有这自己的目标和挑战。对...
细胞工程-香草杏仁

细胞工程

核酸导入技术 将特异的核酸(DNA或RNA)导入到真核细胞中 ,以研究蛋白特性、调控基因表达、调节细胞行为等 常用的核酸导入方法 化学方法:构建非病毒载体(脂质体、DEAE-葡聚糖法、磷酸钙法导入...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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