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scRNA-seq简介-HBC lesson 1-香草杏仁

scRNA-seq简介-HBC lesson 1

参考链接: https://github.com/hbctraining/scRNA-seq_online/blob/master/lessons/01_intro_to_scRNA-seq.md 我们为什么需要单细胞RNA测序 人类各种组织之间细胞的类型,状态和相互作用差异巨...

Seurat安装

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
支持linux平台的截图神器flameshot-香草杏仁

支持linux平台的截图神器flameshot

前言 最近在学习单细胞转录组的上游分析,不得已安装了ubuntu18.04系统,第一次使用linux,怪不习惯的,而且很多在win10平台下很方便的功能在linux下找到替代会稍微费点精力。 比如我习惯后台跑...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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生信分析环境搭建--conda+jupyter-香草杏仁

生信分析环境搭建–conda+jupyter

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境,包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具,并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。
细胞化学技术-香草杏仁

细胞化学技术

在保持细胞结构完整的条件下,借助细胞中的化学反应在细胞原位确定化学成分的分布、量及其在细胞活动中的动态变化的技术,达到定性、定位和相对定量的目的,用以阐明化学成分在细胞中的功能、与...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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Seurat基本分析流程-香草杏仁

Seurat基本分析流程

参考链接: https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 建立 Seurat 对象 示例数据为10X Genomics的外周血单个核细胞(PBMC)数据集,含有2700个单细胞,使用Illumina NextSeq...
细胞工程-香草杏仁

细胞工程

核酸导入技术 将特异的核酸(DNA或RNA)导入到真核细胞中 ,以研究蛋白特性、调控基因表达、调节细胞行为等 常用的核酸导入方法 化学方法:构建非病毒载体(脂质体、DEAE-葡聚糖法、磷酸钙法导入...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh-香草杏仁

下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh

这篇文章介绍了一个多线程下载NCBI数据库中SRA文件的脚本download_sra.sh。使用前需要确认已安装sra-tools。该脚本通过prefetch命令,可以高效地下载各种SRA文件,包括bulk-seq和single cell原...
Rtools安装-香草杏仁

Rtools安装

出现的问题 最近在学习R语言得过程中,安装了最新版的R4.0.1和R Studio,但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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Basic Res Cardiol:二叶式主动脉瓣狭窄的血管生成、炎症与局部钙化特征-香草杏仁

Basic Res Cardiol:二叶式主动脉瓣狭窄的血管生成、炎症与局部钙化特征

该研究结合终末期人主动脉瓣 bulk RNA-seq、Kawamoto 未脱钙组织学、micro-CT 与独立 TAVI 队列,比较二叶式和三叶式主动脉瓣狭窄。bAVS 呈现更广泛的血管生成、炎症和基质重塑相关转录改变,并...