学习内容 学会选择合适的PCs用于聚类分析 聚类的方法 目标 产生细胞类型特异性聚类，并使用已知的细胞类型标记基因来确定聚类的身份。 确定集群是否代表真正的细胞类型或由于生物或技术差异而产...

经验证，人类样本的单细胞分析使用seurat教程的方法计算线粒体序列比例与此方法结果一致，但对于其他物种，建议使用此方法。 使用注释文件生成线粒体计数指标 我们将使用AnnotationHub，它允许...

Created time: December 22, 2021 7:49 PM 参考链接: https://blog.csdn.net/willingtolove/article/details/109863064 ​​ Ubuntu系统默认是安装了ufw防火墙的。查看防火墙的状态： sudo ufw ...

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境，包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具，并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。

​​ 首先注意 usr 指 Unix System Resource​，而不是user /usr/bin​：系统预装的一些可执行程序，随系统升级会改变 ​/usr/local/bin​：用户安装的可执行程序，不受系统升级影响，用户编译...

该研究整合胎儿、健康参照和钙化主动脉瓣单细胞图谱，并结合GWAS、bulk RNA-seq及体外功能实验，发现CAVD中炎症相关VDSC1和VDSC3显著扩增，遗传与疾病转录信号共同定位于VDSC，并筛出INHBA。敲...

最近由于CPU、内存等降价明显，自己配了一台洋垃圾，双路E5-2696V3, 36核72线程+128G内存，用来学习linux系统和生信分析，自己用目前是足够了，后续如果需求提高了可以升级到256G内存，目前一套...

本文主要是翻译，用作参考，还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本，将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型，这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...

系统：ubuntu20.04 创建挂载目录 sudo mkdir /mnt/data 磁盘查看磁盘信息 # 列出磁盘 lsblk # 查看磁盘UUID sudo blkid ### 输出中找到自己想挂载的磁盘，比如下面这个 ### /dev/sda1: LABEL='d...

准备工作：下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...