cellranger count 流程
准备工作：下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38，大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...
cellranger的安装
新建一个文件夹 打开linux终端，运行 mkdir yard 验证一下工作目录 pwd /home/vamond/yard 进入该目录，新建apps文件夹，用于存放cellreanger cd /mnt/home/user.name/yard mkdir apps cd apps ...
使用pheatmap可视化marker基因
在完成单细胞分析基本流程之后，我们获得了各个细胞聚类和相应的marker基因，有多种方式可以可视化marker基因的表达量，seurat包中自带的DoHeatmap()、VlnPlot()以及DotPlot()函数可以很方便的...
windows R 内存管理
在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量，以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object，对于多样本整合的数据来讲最后会很大，每次...
使用singleR预测细胞类型
SingleR是用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的自动注释方法（Aran et al.2019）。给定具有已知标签的样本（单细胞或RNAseq）参考数据集，它将基于与参考数据的相似性标记测试数据集中的新细胞...