Circulation：重激活氧化的sGC作为减缓AVS进展的新治疗策略
本研究探讨了通过重新激活氧化状态下的可溶性鸟苷酸环化酶（sGC）作为一种减缓钙化性主动脉瓣狭窄（FCAVS）进展的新治疗策略。FCAVS是一种常见于老年人的心血管疾病，现有药物治疗效果有限，目...
本地部署Deepseek-R1+知识库构建
本文介绍了在本地部署Deepseek-R1模型并构建知识库的步骤，主要分为五个部分。首先，用户需要安装Ollama软件，并通过命令行下载所需的模型。接着，通过访问指定的本地端口，可以在浏览器中查看...
Circulation: 靶向鞘氨醇-1-磷酸信号通路以防止主动脉瓣疾病的进展
本文探讨了鞘氨醇-1-磷酸（S1P）信号通路在主动脉瓣疾病（AVD）进展中的作用。研究显示，随着人口老龄化，AVD 在老年人群中日益普遍，现有的治疗手段主要限于瓣膜置换，缺乏有效的药物干预。本...
单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS&MEBOCOST安装
本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程，COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先，需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境，并确保pandas版本低于2.0.0。接着，安...
Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field
Giving Calcification Its Due: Recognition of a Diverse Disease: A First Attempt to Standardize the Field Article type: Review Files: CIRCRESAHA.116.310060.pdf Publication Year: 201...
归一化与主成分分析-HBC lesson 5
在我们我们获得高质量的单细胞数据后，单细胞RNA测序分析工作流程的下一步是进行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分离成独特的细胞群。为了执行聚类，我们需要确定细胞间表达差异最大的基因...
使用pheatmap可视化marker基因
在完成单细胞分析基本流程之后，我们获得了各个细胞聚类和相应的marker基因，有多种方式可以可视化marker基因的表达量，seurat包中自带的DoHeatmap()、VlnPlot()以及DotPlot()函数可以很方便的...
windows R 内存管理
在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量，以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object，对于多样本整合的数据来讲最后会很大，每次...
使用singleR预测细胞类型
SingleR是用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的自动注释方法（Aran et al.2019）。给定具有已知标签的样本（单细胞或RNAseq）参考数据集，它将基于与参考数据的相似性标记测试数据集中的新细胞...
对Seurat对象使用harmony方法整合
Harmony方法在2019年发表在上面nature methods， harmony算法与其他整合算法相比的优势： 整合数据的同时对稀有细胞的敏感性依然很好； 省内存； 适合于更复杂的单细胞分析实验设计，可以比较来...