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生物信息学教程和笔记
WordPress搭建个人博客1——阿里云+LAMP+WordPress-香草杏仁
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WordPress搭建个人博客1——阿里云+LAMP+WordPress

记得当时中学的时候就开始希望自己能有一个网站,当时自己可能都不知道什么是博客,就是单纯觉得有一个个人网站是一个很酷的事情,那是一片属于自己的天地,但是以前门槛较高,中学时代也没啥时...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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Ubuntu防火墙配置-香草杏仁

Ubuntu防火墙配置

Created time: December 22, 2021 7:49 PM 参考链接: https://blog.csdn.net/willingtolove/article/details/109863064 ​​ Ubuntu系统默认是安装了ufw防火墙的。查看防火墙的状态: sudo ufw ...
cellranger count 流程-香草杏仁

cellranger count 流程

准备工作:下载参考基因组和数据集 下载参考基因组 # 新建一个ref文件夹存放参考基因组 cd yard mkdir ref cd ref # 下载human GRCH38,大约11G wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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linux添加环境变量-香草杏仁

linux添加环境变量

"Linux笔记" ubuntu ​​ 在用户主目录下有一个 .bashrc 隐藏文件,可以在此文件中加入 PATH 的设置如下: sudo vim ~/.bashrc 加入: export PATH=<你的要加入的路径>:$PATH e...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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linux常用命令: systemctl-香草杏仁

linux常用命令: systemctl

​​ linux系统结构/lib/systemd/system​目录 根据 Linux 惯例,字母d​是守护进程(daemon)的缩写。 Systemd 这个名字的含义,就是它要守护整个系统。 该目录自动存放启动文件的配置位置,里...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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linux中的usr和bin目录-香草杏仁

linux中的usr和bin目录

​​ 首先注意 usr 指 Unix System Resource​,而不是user /usr/bin​:系统预装的一些可执行程序,随系统升级会改变 ​/usr/local/bin​:用户安装的可执行程序,不受系统升级影响,用户编译...
生信分析环境配置:conda-香草杏仁

生信分析环境配置:conda

最近由于CPU、内存等降价明显,自己配了一台洋垃圾,双路E5-2696V3, 36核72线程+128G内存,用来学习linux系统和生信分析,自己用目前是足够了,后续如果需求提高了可以升级到256G内存,目前一套...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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conda的使用-香草杏仁

conda的使用

​​ conda的下载与安装 创建小环境并在其内安装软件 创建名为rna-seq​的小环境 # conda create -n [名称],后面是要安装的主要软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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linux常用命令:tar-香草杏仁

linux常用命令:tar

​​ Linux tar(英文全拼:tape archive )命令用于备份文件。 ​tar​是用来建立,还原备份文件的工具程序,它可以加入,解开备份文件内的文件。 备份文件不完全等同于压缩文件,linux中的备...
安装omicverse docker版-香草杏仁

安装omicverse docker版

本文介绍了如何在Linux系统上安装Omicverse的Docker版本。Omicverse是一个基于Python的高通量测序数据分析框架,具有统一输入输出和改进的可视化功能。作者首先尝试通过conda和pip方式安装,但...