Seurat不仅可以校正实验的批次效应，还能跨平台整合数据，例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起；也能整合单细胞多组学数据，例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转...

系统：ubuntu20.04 创建挂载目录 sudo mkdir /mnt/data 磁盘查看磁盘信息 # 列出磁盘 lsblk # 查看磁盘UUID sudo blkid ### 输出中找到自己想挂载的磁盘，比如下面这个 ### /dev/sda1: LABEL='d...

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境，包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具，并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程，COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先，需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境，并确保pandas版本低于2.0.0。接着，安...

本文介绍了如何通过Aspera工具批量下载EBI数据库中的fastq或sra文件。首先，用户需通过conda创建一个新的环境并安装Aspera CLI和sra-tools。在获取到目标文件的下载链接后，可以使用Aspera命令...

出现的问题 最近在学习R语言得过程中，安装了最新版的R4.0.1和R Studio，但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...

.rds和.Rdata （也称为.rda ）文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法（例如write.table相比，保存此方法有多个优点： 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R特定信息（例...

在做单细胞数据分析的时候习惯生成和保存很多中间变量，以便于debug的时候方便直接读取某一个中间变量进行后续分析。这些变量包括很多seurat object，对于多样本整合的数据来讲最后会很大，每次...

​​ ​.rds​和.Rdata​ （也称为.rda​ ）文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法（例如write.table相比，保存此方法有多个优点： 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R...

前言 最近在学习单细胞转录组的上游分析，不得已安装了ubuntu18.04系统，第一次使用linux，怪不习惯的，而且很多在win10平台下很方便的功能在linux下找到替代会稍微费点精力。 比如我习惯后台跑...