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scRNA-seq数据整合Introduction-香草杏仁

scRNA-seq数据整合Introduction

Seurat不仅可以校正实验的批次效应,还能跨平台整合数据,例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起;也能整合单细胞多组学数据,例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转...
安装omicverse docker版-香草杏仁

安装omicverse docker版

本文介绍了如何在Linux系统上安装Omicverse的Docker版本。Omicverse是一个基于Python的高通量测序数据分析框架,具有统一输入输出和改进的可视化功能。作者首先尝试通过conda和pip方式安装,但...
Circulation:二叶式主动脉瓣的基因组与转录组学研究-香草杏仁

Circulation:二叶式主动脉瓣的基因组与转录组学研究

本研究旨在探讨二叶式主动脉瓣(BAV)的基因组和转录组学特征,以揭示其遗传机制。BAV 是一种常见的先天性心脏缺陷,尽管其遗传性较强,但目前已知的单基因突变仅能解释部分病例。为了解决这一...
细胞化学技术-香草杏仁

细胞化学技术

在保持细胞结构完整的条件下,借助细胞中的化学反应在细胞原位确定化学成分的分布、量及其在细胞活动中的动态变化的技术,达到定性、定位和相对定量的目的,用以阐明化学成分在细胞中的功能、与...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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Seurat安装

从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
MJ绘画基础教程--part3📚常用参数详解-香草杏仁

MJ绘画基础教程–part3📚常用参数详解

本文介绍了在使用MJ绘画基础教程中常用的参数,包括图片尺寸、创意程度、风格化程度、Seed种子、负向参数和参考图权重等。通过调整这些参数,可以控制生成图片的效果,提升创作灵活性和艺术性。
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh-香草杏仁

下载sra文件(多线程高速版) download_sra.sh

这篇文章介绍了一个多线程下载NCBI数据库中SRA文件的脚本download_sra.sh。使用前需要确认已安装sra-tools。该脚本通过prefetch命令,可以高效地下载各种SRA文件,包括bulk-seq和single cell原...
细胞培养基及添加剂的一些知识-香草杏仁

细胞培养基及添加剂的一些知识

培养基的基本成分 血清 血清是白蛋白、生长因子和生长抑制剂的复杂混合物,可能是细胞培养基中最重要的成分之一。最常用的血清是胎牛血清(FBS)。其他可用的血清类型包括新生小牛血清和马血清...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond5年前
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整合-HBC lesson 6.2-香草杏仁

整合-HBC lesson 6.2

本文主要是翻译,用作参考,还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本,将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型,这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...