单细胞 第3页
学习单细胞分析过程中的一些笔记,多数来自网络已有教程,我记录了一下自己的学习过程,并且整理在此,以供后续参考。
Seurat基本分析流程-香草杏仁

Seurat基本分析流程

参考链接: https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 建立 Seurat 对象 示例数据为10X Genomics的外周血单个核细胞(PBMC)数据集,含有2700个单细胞,使用Illumina NextSeq...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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整合-HBC lesson 6.2-香草杏仁

整合-HBC lesson 6.2

本文主要是翻译,用作参考,还是要看GitHub上的英文原版学习 目标 对于不同条件下的样本,将相同类型的细胞对齐到一起 挑战 对准类似的细胞类型,这样我们就不会因为样品、条件、模式或批次的不...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS安装-香草杏仁

单细胞转录组代谢流分析软件COMPASS安装

本文详细记录了在Linux系统上安装COMPASS软件的过程,COMPASS是一款用于单细胞转录组代谢流分析的软件。首先,需要创建一个Python 3.9或3.10的conda环境,并确保pandas版本低于2.0.0。接着,安...
聚类分析-HBC lesson 7-香草杏仁

聚类分析-HBC lesson 7

学习内容 学会选择合适的PCs用于聚类分析 聚类的方法 目标 产生细胞类型特异性聚类,并使用已知的细胞类型标记基因来确定聚类的身份。 确定集群是否代表真正的细胞类型或由于生物或技术差异而产...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
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