生信基础共6篇
生信分析的基础知识和工具等
安装omicverse docker版-香草杏仁

安装omicverse docker版

本文介绍了如何在Linux系统上安装Omicverse的Docker版本。Omicverse是一个基于Python的高通量测序数据分析框架,具有统一输入输出和改进的可视化功能。作者首先尝试通过conda和pip方式安装,但...
生信分析环境搭建--conda+jupyter-香草杏仁

生信分析环境搭建–conda+jupyter

本文介绍了如何使用conda和jupyter notebook搭建生信分析环境,包括安装配置conda、jupyter notebook、scanpy等工具,并演示了在jupyter notebook中调用不同环境的方法。
.rds和.Rdata(.rda)-香草杏仁

.rds和.Rdata(.rda)

​​ ​.rds​和.Rdata​ (也称为.rda​ )文件都可用于以R本机格式存储R对象。与非本机存储方法(例如write.table相比,保存此方法有多个优点: 1)将数据恢复到R更快 2)它保持在数据中编码的R...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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生信分析环境配置:conda-香草杏仁

生信分析环境配置:conda

最近由于CPU、内存等降价明显,自己配了一台洋垃圾,双路E5-2696V3, 36核72线程+128G内存,用来学习linux系统和生信分析,自己用目前是足够了,后续如果需求提高了可以升级到256G内存,目前一套...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
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conda的使用-香草杏仁

conda的使用

​​ conda的下载与安装 创建小环境并在其内安装软件 创建名为rna-seq​的小环境 # conda create -n [名称],后面是要安装的主要软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond2年前
051010
使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验-香草杏仁

使用Aspera高速下载ngs数据并进行MD5校验

因为课题研究需要结合参考一篇已发表的单细胞数据,由于该文章只提供的原始fastq文件,所有要下载下来从上游分析开始做起。(如果是是做数据库生信挖掘的也需要下载文件哦)一开始尝试的使用htt...
Vamond的头像-香草杏仁Vamond4年前
062680