ChatGPT香草杏仁版
2023. 3. 24 更新！最新版本的ChatGPT已经更新，重新部署并选择了轻量版以提高性能。基于github开源项目，免费使用，无需科学上网。加入密钥验证以避免滥用，仅限本站访客使用。使用API时可选择...
scRNA-seq数据整合Introduction
Seurat不仅可以校正实验的批次效应，还能跨平台整合数据，例如将10x单细胞数据、BD单细胞数据和SMART单细胞数据整合在一起；也能整合单细胞多组学数据，例如将单细胞ATAC、空间转录组与单细胞转...
EHJ：Lumican通过H3组蛋白乳酸化促进CAVD
本研究探讨了Lumican（LUM）在钙化主动脉瓣病（CAVD）中的作用。通过单细胞RNA测序分析发现，LUM在VICs的转变中发挥关键作用，并促进H3组蛋白乳酸化，进而加速钙化过程。去除LUM可改善钙化情况...
Seurat基本分析流程
参考链接: https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 建立 Seurat 对象 示例数据为10X Genomics的外周血单个核细胞（PBMC）数据集，含有2700个单细胞，使用Illumina NextSeq...
Seurat安装
从CRAN安装最新版 4.0+seurat需要R也是4.0+的版本 Seurat is available on CRAN for all platforms. To install, run: # Enter commands in R (or R studio, if installed) install.packages(&#...
Rtools安装
出现的问题 最近在学习R语言得过程中，安装了最新版的R4.0.1和R Studio，但安装包的时候出现了下面的warning: WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...
关于“数据的维度”(dims参数)的选择
关于“数据的维度”(dims参数)的选择 Created time: Apr 13, 2021 12:07 PM Tags: R, Seurat, scRNA-seq 完成PCA之后，我们获得了该数据集的所有主成分（PCs）信息，但是如何决定纳入多少个主成...
“归一化”与“标准化”
参考链接: https://mp.weixin.qq.com/s/6ioR3JE0wKg6M-YAsLBcTA 关于归一化和标准化的翻译看了很多中文资料，发现还是有争议的，在seurat中主要是两个函数：NormalizeData()和ScaleData() ，其...
Circulation：主动脉瓣钙化是由ALDH1A1的丧失引起的，并且可以通过视黄酸受体α的激动剂来预防
本研究探讨了主动脉瓣钙化的机制以及潜在的预防策略。研究发现，ALDH1A1基因在钙化的主动脉瓣膜中显著下调，其缺失可能促使瓣膜间质细胞向成骨样表型转变，从而加速钙化进程。此外，TGF-β1通过...
scRNA-seq简介-HBC lesson 1
参考链接: https://github.com/hbctraining/scRNA-seq_online/blob/master/lessons/01_intro_to_scRNA-seq.md 我们为什么需要单细胞RNA测序 人类各种组织之间细胞的类型，状态和相互作用差异巨...